博舒替尼的常见不良反应有体液滞留，包括胸腔结液，以及发热、腹痛、腹泻、恶心、头痛、皮疹、感染、呕吐、咳嗽、肌肉骨骼疼痛、呼吸困难、出血、疲劳。
此外，其他班不良反应还包括中性粒细胞减少、血小板减少症、贫血，骨髓抑制毒性小。
实验室检查异常包括丙氨酸转氨酶升高、高镁血症、低磷血症、天冬氨酸转氨酶升高。
与药物相关的发热性中性粒细胞减少症的发生率为5%。